Почему крон не запускается по времени?

Добрый день.
Что именно вам не ясно?
Почему вы решили и где видно, на скрине который приложили, что кроны отрабатывают не корректно?

Минутный и имап - запускаются раз в минуту, но следующий начнет работать только
когда закончит работать тот, что запустился ранее;
Часовой - запускается раз в час и логика работы такая же;
Дневной - один раз в день;

Остальные работают по другой логике, есть такие, которые запускаются и находятся в памяти постоянно.

С вашего сервера не уходят запросы на внешние сервисы по протоколу https
как пример:
curl -I https://i.ua/
curl: (7) Failed to connect to i.ua port 443: Время ожидания соединения истекло

поэтома в автоматизации раз в минуту (минутный крон) у Вас есть действия,
которые пытаются соединится с внешним IP 212.58.160.134 на порт https не получают ответа...

вот пример крона, который находился в памяти на момент проверки
testcrm+ 1737337 1.5 0.5 882032 368196 ? S 15:20 1:04 /usr/bin/php -d memory_limit=512M -f cron/cron-minute.php
И вот процесс пытается создать соединение
php 1737337 testcrmohholdin 6u IPv4 942482291 0t0 TCP test-crm.ohholding.com.ua:43980->212.58.160.134:https (SYN_SENT)
И этот крон просто ждет пока истечет время ожидания, поэтому кроны работают долго.

Обратитесь к Вашим специалистам, которые отвечают за настройку сервера и сетевой инфраструктуры,
что бы устранили данную проблему.